アトランティス側登場人物の服装は全て甲冑をモチーフにしている。
ゴルゴス（声：伊武雅之）
アトランティス第一皇子。地球派遣軍司令官を務める。冷酷な性格の軍人で、実弟のプラトスさえ部下の一人として扱い、危険な任務にも平気で就かせる。だが、南極戦において爆発寸前のコンドル要塞で白鯨に体当たりを敢行。自らの命と引き換えに、オリハルコンを手にしたプラトスを逃がした。
プラトス（声：古川登志夫）
アトランティス第二皇子。地球派遣軍副司令。ゴルゴスの死後は司令官となる。非常に誇り高く、戦いにおいても常に正々堂々と振舞うことを信条としている。小説版では無益な戦いを避けようとする平和主義者的な描写であったが、テレビ版では特に登場当初、国連軍機をカトンボ呼ばわりするなど現生人類を見下していた。愚かな劣等種族をアトランティスが支配することで地球に平和が訪れると信じていたが、ザルゴン復活以降、次第に疑問を持つようになる。
ラ・メール（声：小山茉美）
アトランティス親衛隊隊員。プラトスとは幼馴染で、想いを寄せている。実はラ・ムーの娘でマドーラとは双子の姉。3万年前、アトランティスに人質として取られ、当人はその事実を知らないままアトランティス人として生きてきた。双子ゆえにマドーラとそっくりということになっているが、育った環境ゆえか、一見きつい表情をしていることや髪が赤いためにあまり似ているという印象はない。作中でも二人が似ていると言ったのは剣だけであった。
コンドラ（声：沢田敏子）
永眠中の夫・ザルゴンに代わりアトランティスを率いる女帝。名前の由来はコンドルと思われ、その名の通り、コンドルを思わせるフードを被り、マントを翼のように広げる姿が印象的。実は頭脳以外の肉体を人工細胞としたサイボーグと化しており、アトランティスが異次元の眠りについた後も帝国復興に備えてきた。22話において自らオリハルコンパワーを浴びて巨大化、アトランティス大陸の地球帰還を阻止しようとした白鯨の前に立ちふさがった。
ザルゴン（声：渡部猛）
アトランティス帝王。名前の由来は古代メソポタミアのサルゴン王と思われる。常に牡牛のような巨大な角の付いた兜を被っている。設定資料では兜を外した姿もあり、頭頂部のみに髪が少し残っている辮髪のような髪型だったが、作中では登場しなかった。物語前半では、3万年前に力の源・オリハルコンを失ったために永眠している（オリハルコンを失ったことがなぜ永眠に繋がるのか、その理由について作中で特に説明はない）が、オリハルコンを取り戻して以降は復活し、帝国を率いて全地球に無差別攻撃を行なう。極悪非道な人物で、部下はおろか、妻子を戦いで失うことや、自ら手に掛けることさえためらわない。
クラシック音楽
南極と北極
への付く言葉
ザ・和歌山
産業とは！
世界の演劇
慣用句集
かの付く言葉
七五三
靴に囲まれて
自転車
婦人科
香道
遺伝子疾患
洞窟
ジョギング
債券
クリケット
通訳
アメリカンフットボール
ハイド（声：大木民夫）
アトランティス帝国科学長官。口髭と顎鬚をたくわえ、常に片眼鏡をかけている壮年科学者。彼が中心となって開発したオリハルコンパワービームが、国連の無条件降伏を決定付けた。また、20話で宇宙へ飛び出した白鯨をラウンドクロス包囲網や第一師団を駆使して迎え撃った。
グラーティス（声：千葉順二）
アトランティス帝国の長老科学者。白く長い髭をたくわえた老人。ハイドが前線部隊の参謀長的立場であるのに対し、グラーティスはアトランティス本国科学者グループの中心的人物。
バッカス（声：渡部猛）
9話に登場したオリハルコン探索部隊隊長。地中海・クレタ島一帯の古代文明跡を探査に向かうが、アララト山に出向いていた白鯨と遭遇、交戦する。なお、テレビ版では禿げ頭で小太りの中年男性だったが、小説版での描写は若い士官であった。
カイム（声：納谷六朗）
10話に登場した士官。ナスカに基地跡が残っているのを見つけ、爆撃機を率いて進出を図る。
ポポロ（声：古谷徹）
譲のサッカープレーヤーとしてのライバル。ペルーチームのゴールキーパーとしてワールドカップで決着をつけるはずだった（余談だが、ポポロはキーパーグローブを着用せず、素手でゴールを守っていた）が、アトランティスがナスカに残した基地を守る”空の民”の一人であり、皮肉な戦いを強いられることとなる。なお、テレビ版でポポロが持っていた武器は槍だったが、小説版ではブーメランになっていた。
ランガン（声：玄田哲章）
13話に登場したプラトスの部下。オリハルコン発見の栄誉を担うが、本隊の到着まで持ち堪えることはできなかった。